Pendirian SMP Negeri 1 Mandiraja diawali dengan pembentukan Sekolah Menengah Pertama Persiapan yang mulai beroperasi pada tanggal 1 Agustus 1964. Selanjutnya, pada tanggal 12 Desember 1978 barulah sekolah ini resmi menjadi SMP Negeri 1 Mandiraja. Pendirian Sekolah dan Operasional Sekolah dikukuhkan melalui Surat Keterangan Kepala Dindikpora Kabupaten Banjarnegara Nomor 421.3/5062/Dikpora/2023 tanggal 31 Agustus 2023.  Sejarah pendirian sekolah dihimpun dari beberapa narasumber antara lain Suradiana (mantan guru), Satmoko (mantan guru), Bambang Mulyanto (kerabat salah satu pendiri sekolah) dan Hartatiningsih (keluarga pendiri sekaligus alumni angkatan 1969).

WH. Suparno, guru SMP Negeri 1 Purwareja Klampok, merupakan inisiator perjuangan untuk mewujudkan keberadaan SMP Negeri 1 Mandiraja. Awalnya, Beliau melangkah dengan bermusyawarah dengan Camat Mandiraja beserta lurah-lurah dan penatus (Koordinator Lurah) di mandiraja yaitu Mandiraja, Wetan, Panggisari, Purwasaba dan Kebanaran. Hasil musyawarah  adalah membuka pendaftaran Siswa “SMP Persiapan (SMPP)”. Hasilnya, tercatat 150 orang mendaftarkan diri menjadi siswa angkatan pertama.  Selanjutnya siswa dibagi menjadi 3 kelas. Kegiatan pembelajaran sementara bertempat di Kediaman Penatus Mandiraja Wetan yang bernama S. Rekso Medjo.

Dukungan pendirian pun diperoleh dari Slamet Sumasto, Kepala SMP Negeri 1 Purwareja Klampok. Dukungan tersebut berupa pemberian tugas kepada WH. Suparno, sebagai kepala sekolah serta Indarsiam dan Hidayat sebagai guru di SMPP.   Ketiganya merupakan guru di SMP Negeri 1 Purwareja Klampok.  Jumlah guru di SMPP masih kurang maka pihak kecamatan dan tokoh masyarakat melakukan pendekatan. Akhirnya SMPP mendapatkan bantuan guru dari SD Negeri 2 Mandiraja Wetan antara lain Suradiana, Limun Margono, Rakhmat, Tohirin Abu Bakar, dan lima orang lainnya. 

Keinginan memiliki Gedung sendiri mulai diwujudkan dengan gerakan siswa ”Ngarah Watu” dari kali Serayu sekitar 1 km jauhnya ke lokasi sekolah saat ini. Gerakan ini berlangsung setiap hari sabtu antara tahun 1965 sampai tahun 1969. Pada saat itu siswa masih tak bersepatu sedang guru-gurunya hanya memakai sendal.  Sedangkan untuk ujian dilaksanakan di SMP Negeri 1 Purwareja Klampok.

Perjuangan untuk mendirikan sekolah serta membangun sekolah mendapatkan dukungan penuh dari tokoh-tokoh di Mandiraja. Beberapa tokoh masyarakat yang turut andil antara lain Permadi, Handoko (Camat Mandiraja), Purwanom (Mantri Penerangan), Bapak S. Rekso Medjo (Penatus Mandiraja Wetan), dan Widjaja Alam.  Perjuangan menjadi sekolah negeri membuahkan hasil. Tepatnya pada 12 Desember 1978, SMP Persiapan resmi menjadi SMP Negeri 1 Mandiraja. Peresmian dilakukan oleh Drs.Widarso, Kepala Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Jawa Tengah.

Berikut nama kepala sekolah yang pernah bertugas di SMP Negeri 1 Mandiraja :

1.      WH Suparno  (1964-1973)

2.      Darmadi (1973-1978)

3.      F. Suparno HP (1978-1980)

4.      RO. Adi prayitno (1980-1992)

5.      Suradiana (1992-1996)

6.      Sugito Rekso Dinomo (1996-2003)

7.      Pujianti, S.Pd (2003-2006)

8.      Drs. Teguh Hartono, M.M. (2006-2011)

9.      Dra. Tri Retno H, M.Pd.  (2011-2012)

10.   Wilujeng Naharyanti, S.Pd. (2012-2014)

11.   Rujiman, S.Pd. (2014-2016)

12.   Syaroni, M.Ag. ( 2016-2018 )

13.   Salman, S.Pd. ( 2018-2020 )

14.   Drs. MH Sulaiman M.Si. (2020 - 2024)